Las plagas constituyen uno de los principales problemas para los agricultores en todo el mundo, al igual que un desafío para la producción agroecológica. Tanto el sector privado como el gobierno promueven entre los pequeños agricultores de la región andina el uso de costosos plaguicidas químicos, exponiendo los cultivos a pérdidas potencialmente devastadoras por los daños de las plagas, ya exacerbadas por el cambio climático. A pesar del alto costo de los pesticidas químicos, muchos agricultores en Ecuador siguen dependiendo de ellos, poniendo en peligro no solo la salud del ecosistema agrícola, sino también a ellos mismos y a los consumidores. Quienes no pueden pagar lo que cuestan los pesticidas químicos no aplican medidas directas de control de plagas, o se limitan a métodos tradicionales como los biopesticidas. En entrevistas realizadas a agricultores y apicultores ecuatorianos se confirmó que la acción de amplio espectro de los plaguicidas ha perjudicado a organismos no objetivo (por ejemplo mariquitas, aves insectívoras y abejas), muchos de los cuales pueden ser beneficiosos para la producción de cultivos. Además, los comerciantes incitan a los agricultores a aplicar plaguicidas incluso con bajas densidades de plagas o como medida preventiva, quizás reduciendo los efectos positivos que tiene la herbivoría de bajo nivel sobre las plantas. Para ilustrar los posibles efectos negativos de la aplicación de plaguicidas en el chocho (Lupinus mutabilis) ecuatoriano, la investigación participativa realizada en fases anteriores descubrió 1) que la abundancia natural de polinizadores puede aumentar la producción de chocho entre un 15 y un 20%, lo cual es notable ya que el chocho es una planta que se autopoliniza, y 2) que el ataque de bajas densidades de herbívoros puede llegar a triplicar el rendimiento (por un efecto de poda). En este caso, los pesticidas son costosos, perjudican la salud de los agricultores y del medio ambiente y afectan negativamente la productividad.
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